Die Roten Khmer formierten sich aus der Kommunistischen Partei Kambodschas, die wiederum in der indochinesischen KP ihren Ursprung hat. Erst ist es König Sihanouk, dann der Armeegeneral Lon Nol, die die Kommunisten in Kambodscha unterdrücken. Doch verbündet sich Sihanouk mit den Roten Khmern, als er von Lon Nol in einem Putsch gestürzt wird und bildet mit ihnen die Nationale Front Kampucheas (FUNK).

Nach dem Sturz Lon Nols übernehmen die Roten Khmer die Macht in Kambodscha und rufen die "Demokratische Republik Kampuchea" aus. Sihanouk wird als Staatsoberhaupt eingesetzt, trifft aber erst im September aus dem Exil ein. Die Roten Khmer beginnen schnell damit, ein Terrorregime zu errichten. Als Sihanouk die Politik der Khmer kritisiert, wird er abgesetzt und Khieu Samphan als neues Staatsoberhaupt ernannt, Pol Pot als Regierungschef eingesetzt. Pol Pot will mit einem radikalen 4-Jahres-Plan das Land kommunistisch umstrukturieren, doch die Landwirtschaftsreform misslingt und die große Ernte bleibt aus.

Als Sündenböcke müssen reihenweise Personen in hohen Ämtern ihr Leben lassen. In seinem Wahn beginnt Pol Pot seine Politik der Massensäuberungen. Etwa anderthalb Millionen Menschen verlieren in der vierjährigen Schreckensherrschaft ihr Leben in Todeslagern und in Zwangsarbeitsmassnahmen. Im Dezember 1978 marschieren Truppen Vietnams in Kambodscha ein und stürzen das Regime Pol Pot. Die Roten Khmer gehen in den Untergrund.

1982 bilden die Roten Khmer unter Pol Pot mit zwei nichtkommunistischen Gruppen eine Exilregierung in Kuala Lumpur, die sogar von der UNO anerkannt wird. 1989 ziehen sich die vietnamesischen Gruppen zurück.

1991 unterzeichnen die Bürgerkriegsparteien in Kambodscha einen Waffenstillstand und Sihanouk wird Vorsitzender der Übergangsregierung. Schon zwei Jahre später probieren sich die Roten Khmer erneut an einem Systemsturz und lassen das Land in den Folgejahren ihren Schrecken spüren. Ende 1993 verlieren nacheinander die brutalsten Führer der Roten Khmer ihre Positionen und müssen sich den Behörden stellen.

Dezember 1998 kapitulieren sämtliche Truppen. Laut Beobachtern soll es noch Untergrundaktivitäten geben.

2004, ein Viertel Jahrhundert nach Beendigung der Schreckensherrschaft, ist dem kambodschanischen Parlament der Weg für UN-Prozesse gegen frühere Führer geebnet. Noch lebende Rote Khmer können laut Gesetz wegen Völkermord, Kriegsverbrechen und Verbrechen gegen die Menschlichkeit angeklagt werden.

Experten gehen von einer Prozessdauer von ca. sechs Jahren aus.