Im engeren Sinn werden vor allem Mikroorganismen, die zur Schwächung oder Vernichtung von Menschen, Vieh oder Nutzpflanzen eingesetzt werden können, als biologische Waffen bezeichnet, also vor allem Viren und Bakterien, die Krankheiten auslösen. Mikroorganismen, die unbelebte Konstruktionen schwächen oder zerstören, sind jedoch ebenso zu den biologischen Waffen zu zählen. Auch wird die Bezeichnung teilweise für Toxine (Gifte) verwendet, die durch Mikroorganismen produziert werden.

Das Übereinkommen von 1972 über das Verbot der Entwicklung, Herstellung und Lagerung bakteriologischer Waffen und Toxin-Waffen enthält die Passage: "Ausgenommen von dem Entwicklungs- und Herstellungsverbot sind die Arten und Mengen von Mikroorganismen, Viren und Toxinen, die durch Vorbeugungs-, Schutz- oder sonstige friedliche Zwecke gerechtfertigt sind."

Diese allgemeine Einschränkung wird einerseits durch die Notwendigkeit der Herstellung von Impfstoffen legitimiert, verhindert andererseits jedoch nicht die weitere Verbreitung von biologischen Waffen, sondern garantiert diese vielmehr, unterstützt durch das völlige Fehlen von völkerrechtlichen Ahndungsmöglichkeiten. Die biologischen Waffen weisen jedoch für die militärische Anwendung einige Nachteile auf, da sie nicht zwischen Freund und Feind unterscheiden, sich vermehren und verbreiten, teilweise nur in kleinen Mengen vorkommen und sich oft nicht einfach über lange Zeit lagern lassen.

Durch die Methoden der Gentechnologie ergeben sich neue Lösungsmöglichkeiten für die alten Probleme, da sich biologische Kampfstoffe nun gezielt konstruieren und produzieren lassen. Die Freund-Feind-Erkennung kann bspw. auf der einen Seite durch die Entwicklung spezifischer, auf einzelne Merkmale abzielender Kampfstoffe (zb. "ethnische Waffen") und auf der anderen Seite durch die Immunisierung von Soldaten und Gruppen der eigenen Bevölkerung gegen einzelne Kampfstoffe verbessert werden.