Im Jahre 1946 wurden die Philippinen unabhängig. Seitdem sah sich die moslemische Bevölkerung Mindanaos und der Sulu-Inseln durch die Umsiedlung christlicher Kleinbauern bedroht. Wichtige funktionielle Posten wurden durch die nordphilippinischen Elite besetzt und der Süden wirtschaftlich benachteiligt. Die Verärgerung nahm politische Formen an: im Jahr 1969 formierte sich unter dem Politologen Nur Misuari die Moro National Liberation Front (MNLF), deren militärischer Arm die Bangsa Moro Army (BMA) wurde. Sie nahm den Kampf gegen die Regierung 1970 mit dem Ziel auf, im Süden einen unabhängigen Zentralstaat mit islamischen Recht zu erreichen. Doch innerhalb der MNLF bildeten sich allmählich zwei Lager. 1978 spaltete sich die Moro Islamic Liberation Front (MILF). 1992 kam es zu Friedensverhandlungen zwischen der Regierung unter Fidel Ramos und der MNLF und es wurde eine Südphilippinische Friedens- und Entwicklungszone vereinbart. Nach dem Friedensvertrag von 1996 gab die MNLF das Maximalziel eines unabhängigen Staates auf. Mit der MILF gelang der Regierung kein Friedensabkommen. Im Jahr 2002 eskalierten die Auseinandersetzungen zwischen Regierung und MILF. Im Jahr 2003 näherten sich beide Parteien in politischen Fragen einander an und die Kampfhandlungen verringerten sich und mittlerweile scheint die MILF an einer friedlichen Lösung interessiert. Zahlreiche zivile Initiativen unterstützen den langen Weg zum Frieden.