Ab Januar 1999 kam es in der aufständischen indonesischen Provinz Aceh wieder verstärkt zu Demonstrationen und Unruhen, bei denen die Armee im Juli 1999 sogar ein Massaker an friedlichen Demonstranten verübte. Nachdem am 8.11. des Jahres eine Massendemonstration von 500000 Leuten eine Volksabstimmung für die Unabhängigkeit der Provinz forderte und die GAM im Dezember zum bewaffneten Widerstand aufrief, stimmte der damalige Präsident Wahid im März 2000 schließlich einem Referendum prinzipiell zu, und es kam am 16.3. in Banda Aceh zu Vorgesprächen über einen Waffenstillstand. In den nachfolgenden Verhandlungen in Genf am 12./13. Mai wurde ein Waffenstillstandsabkommen unterzeichnet, das am 2. Juni 2000 in Kraft trat. Trotz des Abkommens kam es in der Region auch weiterhin zu Kämpfen, deren Opfer in der Zweiten Jahreshälfte 2000 auf 540 beziffert werden.

Am 10.1.2001 wurde zwar eine Verlängerung des Waffenstillstands beschlossen, nachdem Präsident Wahid im Dezember 2000 eine Einführung des muslimischen Rechts angeboten hatte; allerdings kam es bis März 2001 wieder zu Kämpfen zwischen Seperatistengruppen und Armee, als sich die innenpolitische Krise um den in Finanzskandale verwickelten Präsidenten verschärfte, der schließlich am 23.7.2001 durch ein konstruktives Mistrauensvotum gestürzt und durch die bisherige Vizepräsidenten Megawati ersetzt wurde.

Auf Internationalen Druck wurde am 9.12.2002 unter Vermittlung des Schweizer Henri-Dunant-Zentrums für humanitären Dialog in Genf ein Friedensabkommen unterzeichnet, worin der Abzug eines Großteils der Regierungstruppen, eine Entwaffnung der Rebellen, sowie weitere Autonomierechte vereinbart wurden. Das Abkommen wurde jedoch nur halbherzig umgesetzt, wofür sich beide Seiten gegenseitig verantwortlich machten. Als die Polizei im Mai 2003 5 GAM-Unterhändler festnahm, die beabsichtigten zu Verhandlungen nach Japan zu reisen, scheiterte ein weiterer Versuch von Friedensgesprächen.

Am 18.5.2003 verhängte Megawati nach Ablauf eines Ultimatums an die GAM ihre Waffen abzugeben, ein zunächst auf 6 Monate befristetes Kriegsrecht über die Region und lies eine Großoffensive mit 40000 Mann anlaufen. Das Militär siedelte 25000 Menschen zwangsweise aus den Kampfgebieten um. In den Kämpfen kam es zur Zerstörung von über 100 Schulen und dem Tod vieler Zivilisten.
Schließlich kam es am 15.08.2005 zur Unterzeichnung eines Waffenstillstands, welcher der Region eine begrenzte Autonomie sicherte.