Aceh ist die westlichste Provinz auf Sumatra und seine Bewohner gehören im Gegensatz zu der überaus großen Mehrheit der Bewohner Indonesiens, die einem moderaten Islam folgen, einer sehr fundamentalistisch orientierten Richtung an. Ende 1950 hatte diese Region teilweise Autonomie zugestanden bekommen, doch Indonesien liess seine Hand von der Region nicht ab. Einerseits probierte sich Indonesien an einer Assimilierungspolitik, andererseits suchte sie effizienteren Zugang zu Ressourcen in der Provinz.

Eigentlich hatten die Rebellen, die sich 1976 formiert hatten, zu dem Zeitpunkt 1990 nicht mehr so viel Rückhalt wie in den Jahren zuvor. Die Eskalation der Unruhen ist demnach nicht nur auf religiöse Differenzen zurückzuführen, sondern auch auf soziale Disparitäten und als aggressive Antwort auf wirtschaftliche Ausbeutung und die Dominanz Indonesien zu verstehen. Mai 1990 nahmen verschiedene Guerrillabewegungen mit der Freiheitsbewegung Acehs (GAM) den bewaffneten Kampf gegen Indonesien auf.

Die indonesischen Militärs gingen äusserst brutal gegen die Rebellen vor, allerdings auch gegen die Zivilbevölkerung. Folter, Vergewaltigungen und Erschiessungen gehörten zum Alltag. Die Regierung konnte zunächst den Widerstand der Rebellen brechen und Aceh wurde zur Sonderzone erklärt. Einzelheiten des Krieges wurden erst nach dem Sturz des Präsdidenten Suharto im Mai 1998 bekannt, als die Region Aceh zeitweise geöffnet wurde. Ende der 90er kam es nach teilweisen Rückzug der Truppen Indonesiens erneut zu Auseinandersetzungen.