Durch den Gründungsprozess der malaysischen Föderation 1957-1963 sah die indonesische Regierung unter Präsident Sukarno ihre Position in der Region langfristig vom "britischen Imperialismus" bedroht. Zwar stimmte Indonesien im Manila-Abkommen von 1963 den Grenzen Malaysias zu, falls die Mehrheit der betroffenen Bevölkerung in einem UNO-Referendum ebenfalls dafürstimmte, als jedoch die malaysische Regierung vorzeitig die Proklamation der Föderation bekanntgab, sah Indonesien dies als Wortbruch an und begann die Politik der militärischen "Konfrontation", die Sukarno nebenbei auch dazu diente, von innenpolitischen Problemen (Machtkonstellation, Wirtschaftslage) abzulenken.

Nachdem einige Guerilla- Spionage- und Sabotagekommandos in Malaysia mit Aktionen begonnen hatten, stellte die britische Armee Truppenkontingente sowie einige Schiffe und Flugzeugträger zusammen, um Malaysia zu verteidigen. Ab September 1963 beteiligten sich auch reguläre indonesische Soldaten an den Kampfhandlungen. 1964 kam es kurzzeitig zu einem Waffenstillstand.

Sukarnos Politik brachte Indonesien in eine internationale Isolation. Im Januar 1965 trat das Land aus der UNO aus. Die innenpolitische Lage Indonesiens wurde zunehmend labil. Neben dem Präsidenten bekamen zunehmend auch die PKI und die Armeeführung großen Einfluß. Am 30.9.1965 schlug ein linksgerichteter Putsch gegen den rechten Flügel der Armee fehl. Dem überlebenden rechtsgerichteten General Suharto, der eine beträchtliche Reserve-Streitmacht im Raum um Jakarta kommandierte, gelang es in einem Gegenputsch nach und nach die Kontrolle zu übernehmen und den Präsidenten bis zum März 1966 zu entmachten. Letzterer beauftragte Suharto am 11.3. in einem Brief mit der Regierungsbildung.

Die wirtschaftliche Situation Indonesiens war inzwischen katastrophal und eine Fortsetzung der Konfrontation - auch wegen der Überlegenheit der Einheiten des Commonwealth - aussichtslos. Indonesien leitete eine langsame, schrittweise Beendigung der Konfrontation ein, um sein "Gesicht nicht zu verlieren". Am 11.8. erkannte Indonesien im Jakarta-Abkommen die vorgesehenen Grenzen Malaysias an und trat im September wieder der UNO bei, womit die Isolation des Landes beendet war.

An den Kampfhandlungen des Konflikts, in dem es nie zu besonders heftigen Militäraktionen kam, starben etwa 740 bis 1000 Menschen, davon ca. 4/5 auf indonesischer Seite. Suharto leitete nach seiner Machtübernahme im März 1966 eine Zerschlagung der PKI ein, bei der es vermutlich zu 100000en Toten kam.