West-Papua gelangte nach der kriegerischen Auseinandersetzung zwischen den Niederlanden und Indonesien nach Vermittlung der Vereinten Nationen zunächst unter indonesische Verwaltung. Ein Entscheid über die Zukunft West-Papuas wurde 1969 gehalten. Der Entscheid war allerdings von Unterdrückungsmassnahmen des indonesischen Militärs begleitet. Zudem ist von gekauften Wahlmännern die Rede. Der Wahltermin wurde vorgeschoben, sodass eine UNO-Beobachtung praktisch kaum möglich war.

Schon 1965 bildete sich die 'Organisasi Papua Merdeke' (OPM) mit dem Ziel das Hegemonialbestreben Indonesiens zu brechen. Sie wandte sich direkt gegen das indonesische Militär. Dabei konnte es auf großen Rückhalt in der Bevölkerung zählen, welches sich für sie auszahlte, da sie technisch dem indonesischen Militär unterlegen war. Sie benutzte die Guerrillataktik und richtete ihre Aktionen vornehmlich gegen kleinere Armeeeinheiten oder Polizeiposten wie auch gegen Einrichtungen westlicher Unternehmen, die im Urwald Neuguineas Bodenschätze und tropische Hölzer abbauten. Zu Beginn der 90er gelang es der indonesischen Armee, die OPM weit zurückzudrängen.

Seit 1993 sind die Auseinandersetzungen unterhalb der Kriegsschwelle. Zunehmende konzentrierte sich die OPM auf Geiselnahmen und Sabotageaktionen gegen westliche Einrichtungen. Die Zahl der Todesopfer wird zwischen mehreren Zehntausend und 150.000 geschätzt.