Der junge Staat Indonesien versuchte durch Infiltration West-Papua zum Anschluß an den eigenen Staat zu bewegen. Die Niederlande wollten sich jedoch nicht aus Papua verdängen lassen, denn sie waren an den reichen Rohstoffvorkommen interessiert. Papua unterstützte die indonesischen Landungsversuche nicht. Schließlich wurde der Konflikt durch diplomatischen Druck der Vereinigten Staaten und Vermittlung der Vereinten Nationen beendet. Die VN übernahmen zunächst die Verwaltung West Papuas. 1963 übernahm Indonesien die Region. 1969 sollte die Bevölkerung West-Papuas in einem Referendum über seine Zukunft entscheiden. In diesem 'Act of Free Choice' wurde West-Papua in die indonesische Provinz Irian-Jaya umgewandelt. Nach einer kurzen Phase der Offenheit und Entspannung wurde West-Papua erneut Opfer von Gewalt.