Wenige Tage nach der Unabhängigkeitserklärung von Portugal am 28.11.1975 marschierten am 7.12.1975 indonesische Truppen in Osttimor ein um die Regierung der FRETELIN zu stürzen und sich Osttimor als Provinz einzuverleiben. Die indonesische Armee ging mit äusserster Brutalität gegen die in die Berge geflüchteten Guerrillas der FRETELIN vor.

Vor allem Racheaktionen gegen unbeteiligte Zivilisten forderten ca. 200000 Opfer. Das Land wurde bis in die 90er Jahre weitgehend nach aussen abgeriegelt. Ausländer durften nur selten und unter strengen Auflagen Osttimor besuchen. Obwohl die Annexion nie völkerrechtliche Anerkennung fand und Osttimor damit offiziell bis in die 90er Jahre als unter portugisiescher Verwaltung stehendes Gebiet galt, erhielten werde der Krieg noch der damit einhergehend Völkermord große Aufmerksamkeit. Weder die offiziell noch zuständige Kolonialmacht Portugal, noch das im 2. Weltkrieg verbündete Australien intervenierten.

Internationale Aufmerksamkeit erhielt Osttimor erst 1996 nach der Verleihung des Friedesnnoblepreises an die Unabhängigkeitsaktivisten Bischof Carlos Felipe Ximenes Belo und Jose Ramos-Horta. Nach dem Sturz des indonesischen Diktators Suharto 1998 stimmte die neu indonesische Regierung einem Referendum zur Unabhängikeit zu, bei welchem sich 78% der Bevölkerung für die Unabhängikeit aussprach. Dies führte zu erneuten Übergriffen durch indonesische Milizen und Militärs.

Erst auf internationalen Druck zog Indonesien seine Truppen ab und australische UN-Soldaten wurden nach Osttimor verlegt. Formell wurde Osttimor am 20. Mai 2002 unabhängig und der frühere Rebellenführer Xanana Gusmão zum Präsident gewählt. Seit 27. September 2002 ist Osttimor Mitglied der UN. Nach internationalen Schätzungen kostete der Konflikt zwischen 150000 und 350000 von insgesamt 800000 Osttimoresen das Leben