1956/57 bildeten sich in Indonesien die Aufstandsbewegungen Palembang-Charta (auf der Insel Sumatra) und Permesta (Insel Sulawesi) heraus. Gründe hierfür waren, dass die Hauptinsel Java eine eindeutige Vormachtellung über politische Macht und ökonomische Ressourcen innehatte, und des weiteren durch Präsident Sukarno die Umwandlung der parlamentarischen - in eine "gelenkte Demokratie" geplant war. Die beiden Guerillas hatten zwar unterschiedliche Zielsetzungen, jedoch stimmten sie darin überein, dass die Vorherrschaft Javas bekämpft werden müsse.

Im Februar 1958 riefen die Guerillas die "Revolutionäre Regierung der Republik Indonesien" (PRRI) aus. Die Regierung erkannte die Absichten der Guerillas als sezessionistisch, und begann im März 1958 mit deren Bekämpfung.
Zunächst erhielten die Aufständischen verdeckte Unterstützung durch die USA, die Philippinen und Taiwan, die sich von der antikommunistischen PRRI erhofften, den wachsenden Einfluss der kommunistischen Partei Indonesiens (PKI) einzudämmen.

Die offiziell als neutral geltende US-Regierung unter Eisenhower kam im Mai 1958 in Erklärungsnöte, als einer ihrer U2-Piloten über Indonesien abgeschossen wurde. Dieser Vorfall, zusammen mit der Erkenntnis, dass das indonesische Militär ebenfalls antikommunistisch eingestellt war, veranlassten die USA im Juni 1958 ihre Intervention zugunsten der Aufständischen abzubrechen und ihre Hilfe fortan den Regierungstruppen zu gewähren.
Durch das Wegbleiben der ausländischen Unterstützung wurden die Guerillas bereits in der zweiten Jahreshälfte 1958 entscheidend geschwächt. In darauffolgenden Verhandlungen wurde erreicht, dass sich die Guerilla-Kämpfer im Gegenzug für eine Amnestie schrittweise ergaben. 1961 hörten die letzten Guerilla-Aktionen auf.
Der Krieg, der ca. 6000 bis 14000 Todesopfer forderte, hatte eine Zunahme des radikalen Nationalismus zur Folge; zugleich wuchs auch der Einfluss der PKI. Die Etablierung der "gelenkten Demokratie" konnte durch den Aufstand nicht verhindert werden. Die Zentralgewalt und die Stellung des Präsidenten gingen aus dem Konflikt gestärkt hervor.