Im Jahr 1942 verloren die Niederlande die Kontrolle über ihre Kolonie an Japan. Unter der Besatzung Japans entstand und wuchs die indonesische Unabhängigkeitsbewegung, die Japan militärisch zu besiegen drohte. Japan versprach die Unabhängkeit, doch die Alliierten strebten Verhältnisse an, wie sie vor der Besetzung Japans geherrscht hatten. Am 17. August 1945 erklärte die Republik Indonesien ihre Unabhängigkeit von den Niederlanden. Britische Truppen landeten im September 1945 auf Indonesien, um die japanischen Truppen zu entwaffnen. Zwischen den Alliierten und der indonesischen Befreiungsbewegung kam es zu stets größeren Auseinandersetzungen bis Großbritannien 1946 schließlich die Indonesische Republik de facto anerkannte und sich zurückzog. Die Niederlande erkannte noch im November 1945 die Unabhängigkeit der de-facto-Macht der Republik Indonesien über Java, Madura und Sumatra an, versuchte dann jedoch einer weiteren Ausdehnung der jungen Republik Indonesien Einhalt zu gebieten. In Ost-Indonesien leistete die Guerilla Widerstand gegen die wiederkehrenden Niederländer. Auf Terror folgten Verbrechen der niederländischen Einheiten. Noch im ersten Drittel des Jahres 1947 stand die Kolonialmacht vor der Zahlungsunfähigkeit. Im August 1947 schaltete sich die UNO ein, die später tatsächlich erfolgreich vermitteln sollte. Die Niederlande versuchten weiterhin, die junge Republik aus den Angeln zu heben und marschierte auf Java und Sumatra ein. Auf diplomatischen Druck hin wurde am 27.7.1949 ein Waffenstillstand vereinbart und am 27. Dezember desselben Jahres der Staat Indonesien in den Grenzen der ehemaligen Kolonie ausgerufen. West-Papua wurde zu dem Zeitpunkt dem neuen Staat nicht angegliedert.