Nach den Auseinandersetzungen in den Jahren 1962 bis 68 brodelte es in Guatemala weiterhin: manche Experten sprechen von 36 Jahren andauernden Guerrillakrieg in Guatemala. Nach der Niederschlagung der FAR im Jahre 1968 nahm die Repression durch die Staatsgewalt bis 1980 äusserst brutale Formen an. Die Guerrilla konnte in Schach gehalten, aber nicht besiegt werden. 1980 eskalierten die Auseinandersetzungen die auch durch die Formalisierung der Demokratie 1986 nicht gebannt werden konnten. International wurde der Druck allmählich auf die Konfliktparteien in Guatemala erhöht. So kam es zum Friedensabkommen von El Salvador 1992.

1993 führte Präsident Serrano einen Selbstputsch durch, entliess das Parlament und setzte die Grundrechte ausser Kraft. Demzufolge formierte sich ein breiter öffentliche Widerstand. Das Parlament wählte den Menschenrechtsprokurator Carpio zum Präsidenten, der wenig Machtbasis hatte. Die Verhandlungen über einen Friedensprozess wurden fortgeführt. Unter der Vermittlung der UNO kam es zu Rahmenvereinbarungen und es wurden Friedenstruppen entsendet.

Im Wahljahr 1996 wurde Alvaro Arzú zum Präsidenten gewählt, der eine schnelle Einigung anstrebte. Am 29.12.1996 gaben die Konfliktparteien ihre Unterschrift für die Beendigung des Bürgerkrieges. Der Bürgerkrieg wurde in der Weltöffentlichkeit wenig wahrgenommen und forderte über 100.000 Menschenleben.