Zeitgleich mit dem offiziellen Eintritt Mexikos in die NAFTA erhoben sich zu Beginn des Jahres 1994 Teile der indigenen Bevölkerung im ärmsten und südlichsten Bundesstaat Mexikos gegen die Zentralregierung. Die Ziele der Guerrilla-Organisation Ejército Zapatista de Liberación Nacional ("Zapatistische Nationale Befreiungsarmee", kurz "Zapatisten") waren die Demokratisierung des mexikanischen Regierungssystems, die Gewährleistung sozialer Chancengleichheit und politische Autonomie für die durch die Politik der Zentralregierung marginalisierten Indio-Völker.

Die Regierung antwortete mit staatlichen und parastaatlichen Terrormaßnahmen, um die bewaffnete Opposition zu zerschlagen, aber auch um den Widerstand der Bevölkerung zu brechen. Seit jeher kann von keiner friedlichen Lösung gesprochen werden, obwohl die strategisch militärischen Operationen 1995 geendet haben. Jedoch ist in Chiapas, später auch in Guerrero und Oaxaca eine starke Militärpräsenz zu beobachten. Auch in anderen Bundesstaaten verstärkten sich die Spannungen zwischen Regierung und den indigenen Gruppen.