1948 wurde im sogenannten "Bogotazo" Jorge Eliécer Gaitán, Rechtsanwalt und Verteidiger von Arbeitern und Bauern, durch die Oligarchie ermordet: in Kolumbien herrschte Bürgerkrieg. Dies leitete die Epoche der sogenannten "Violencia" (Gewalt) ein. Auf jene Zeit ist auch der Ursprung der paramilitärischen Todesschwadrone, die bis heute von Großgrundbesitzern als Privatarmee zur Vertreibung von Bäuerinnen und Bauern von deren Ländereien eingesetzt werden und für zahlreiche Massaker unter der ländlichen Bevölkerung verantwortlich sind, zurückzuführen. Ebenso ist in jene Zeit die Gründung des organisierten Widerstandes einzuordnen: 1949 rief die Kommunistische Partei zur Organisation der Volksverteidigung auf. Bis 1953 fanden die Auseinandersetzungen insbesondere zwischen den Regierungstruppen und der Allianz der liberalen und kommunistischen Guerrillagruppen statt. Die Regierung strebte einen Staat nach spanischem und portugiesischem Vorbild an. Die Kaffeeanbaugebiete waren Zentrum der Gewalt. In der Phase bis 1957 traten insbesondere die Herrschaftsbeziehungen auf dem Land als Konfliktgegenstand in den Vordergrund, da die kommunistischen und die Campesino-Guerrillagruppen für Veränderungen der Agrarbesitzstruktur kämpften. 1957 wurde der Diktator Rojas gestürzt, nachdem auch Konservative und Liberale ihre Interessen nicht mehr vertreten sahen. In der Ausübung der Macht wurde ein vierjähriger Turnus vereinbart. Einen dauerhaften Frieden brachte dies keinesfalls. Circa 200.000 Todesopfer forderte der Krieg, circa 2.000.000 wurden vertrieben. Die Großgrundbesitzer konnten eine Umstrukturierung der Besitzverhältnisse auf den Kaffeeanbaugebieten zu ihren Gunsten erreichen.