Nach den Massenfluchten der Ethnie der Tutsi in den 1960ern aufgrund der Machtergreifung der Hutu-Mehrheit des Landes war es des Öfteren zu Versuchen gekommen, die ehemalige Elitestellung der Tutsi in Ruanda wieder gewaltsam aufzubauen. Das inzwischen diktatorisch herrschende Regime des Präsidenten Habyarimana verweigerte unter diesem Vorwand den Exilanten jegliche Wiederkehr in ihre alte Heimat.

Viele Exil-Tutsis hatten sich unter der FPR (Front Patriotique Rwandais), einer Rebellenorganisation, neu formiert und griff Anfang Oktober 1990 den Norden Ruandas an, mit dem Ziel Habyarimana zu stürzen, den sie der Diktatur und Korruption anklagten.
Mit Hilfe von zairischen, belgischen und französischen Fallschirmjägern gelang es der ruandischen Regierung zuerst, die Rebellen zurückzuschlagen, welche bereits fast die Hauptstadt Kigali erreicht hatten. Es kam zu einem Waffenstillstand und zur Einrichtung einer militärischen Beobachtungstruppe von Uganda, Zaire und Burundi. Außerdem wurde den Tutsi-Exilanten die Rückkehr nach Ruanda zugesichert.
Doch 1993 kam es erneut zu Gefechten zwischen den Rebellen und der Regierung, so dass im August desselben Jahres erneut ein Waffenstillstand in Arusha unterzeichnet wurde, welcher der FPR eine Beteiligung an der Regierung gewähren sollte.

Am 6. April 1994 wurde jedoch das sich im Landeanflug auf Kigali befindliche Flugzeug des ruandischen Präsidenten Habyarimana abgeschossen, der dabei zusammen mit den burundischen Präsidenten ums Leben kam. Verantwortlich dafür war wahrscheinlich die FPR.
Schon kurz darauf fand sich das Land erneut in einem blutigen Bürgerkrieg wieder. Es kam zu einem schon unter den getöteten Präsidenten vorbereiteten und unter seiner Frau und dem Rest der Machtelite nun durchgeführten Genozid an den Tutsi, dem eine monatelange Hetzkampagne vorrausgegangen war. Vor allem über die beiden Radiosender Radio Rwanda und Radio Television des Milles Collines wurde der Hass der Hutu-Mehrheit auf die Tutsi geschürt. Schon zu Jahresbeginn hatte die ruandische Regierung Macheten, Äxte, Hammer und andere als Waffen taugliche Gebrauchsgegenstände im großen Stil importiert, überdies avancierte der Staat bis 1993 zum drittgrößte Waffenimporteur Afrikas. So kam es nach einem landesweiten Mordaufruf am 6. April 1994 zu einem grausamen Massenmord an den Tutsi, dem bis Beendigung des Krieges eine halbe Million Tutsi zum Opfer fiel. Die Volksverhetzung ging so weit, dass Nachbarn einander ebenso umbrachten wie die Ehepartner. Erst Tage nach Beginn des Massenmordes drangen CNN-Videos an die Weltöffentlichkeit, welche das grausame Abschlachten dokumentierten. Unter Habyarimana war die gesamte Administration nur für diesen einen Zweck instrumentalisiert worden, Politologen sprechen von ähnlichen administrativen Strukturen wie unter den faschistischen Regimes Europas vor dem 2. Weltkrieg. Bis heute wird zudem die Katholische Kirche Ruandas der passiven Beteiligung an diesem Völkermord angeklagt.
Am 18. Juli 1994 erklärte die FPR den Krieg für beendet, nachdem sie nun das gesamte Land unter ihrer Kontrolle hatte. Durch diesen Umstand konnte auch der Völkermord beendet werden, jedoch setzten sich die meisten Verantwortlichen für diese Gräueltaten in die Nachbarländer ab. Die Rebellen stellten eine neue Regierung auf, deren beide höchste Ämter von zwei Hutu besetzt wurden. Die UNO entsandte zur weiteren Stabilisation der Lage 5 000 Blauhelmsoldaten ins Land.
Als Folge des Bürgerkrieges waren über eine Million Hutus nach Zaire geflohen, wo sie unter schlechten Lebensbedingungen leben mussten und der willkürlichen Rache ehemaliger Hutu-Regierungssoldaten ausgeliefert waren, die angebliche Tutsi-Kollaborateure verfolgten. Auch 40 000 Soldaten der ehemaligen Regierung Ruandas waren ins Exil gegangen und versuchten Vorbereitungen für eine Rückeroberung Ruandas zu treffen.

Der UN wurde später völliges Versagen im Bezug auf ihre Maßnahmen vorgeworfen:
Schon 1993 erhielt sie Warnungen der FPR und anderer oppositioneller Gruppen, da sich die Absichten des Regimes schon abzuzeichnen schienen. Während des Völkermordes sahen außerdem die 2500 in Kigali stationierten Blauhelme untätig zu, wie der Genozid vollzogen wurde, sie wurden noch während der Völkermord im vollen Gange war aus dem Land abgezogen. Wochenlang gab es keine Reaktion von Seiten der UNO. Als schließlich die Operation Türkis zur Einrichtung einer Sicherheitszone in Ruanda anlief, hatte die FPR das grausame Regime bereits verjagt und kontrollierte fast alle Regionen des Landes.
Der UNO-Menschenrechtskommission lag schon Ende des Jahres 1994 eine Liste mit den 200 Hauptverantwortlichen des Massakers vor, jedoch verzögert sich deren Festnahme und  Verurteilung bis heute durch Einmischung einiger UN-Mitglieder.