Nach einem 1959 fehlgeschlagenen Aufstand der Volksgruppe der Hutu (welche in Ruanda ca. 90% der Bevölkerung ausmacht) gegen die gesellschaftliche und politische Vormachtstellung der Tutsi wurde 1961 die Tutsi-Monarchie gestürzt. Dadurch wurde eine Massenflucht dieser Bevölkerungsgruppe in die umliegenden Staaten ausgelöst. In einer von der UN überwachten Volksabstimmung sprachen sich 79% der Bevölkerung für eine Hutu-Republik und gegen das alte monarchistische System aus.

Zwischen 1963 und 1966 versuchten die geflohenen Exil-Tutsi immer wieder, die alten Machtstrukturen gewaltsam wieder neu zu errichten. So kam es Ende Dezember 1963 zu einer jedoch erfolglosen Invasion von ca. 10 000 in Burundi, Uganda und Zaire (später Kongo) lebenden Tutsi, um die ruandische Regierung zu stürzen.. Bis zum Februar 1964 kamen 20 000 Tutsi ums Leben; als Reaktion auf den Einfall verbot die amtierende Regierungspartei PARMEHUTU (Parti du Mouvement de L'Emancipation Hutu) sämtliche oppositionelle Gruppen, wodurch die Hutu-Führungsrolle im Land weiter ausgebaut werden konnte.
1966 kam es schließlich zu einem Grenzabkommen zwischen Burundi und Ruanda, was den Konflikt mehr oder weniger beilegte. Die Spannungen zwischen den beiden Ethnien nahmen jedoch erst ab, als der gemäßigte Militär Juvenal Habyarimana 1975 durch einen Putsch an die Macht kam.