Am 7. Juni begann unter der Führung des Brigadegenerals Mané eine Revolte mit dem Ziel des Sturztes des Staatspräsidenten Vieira. Schon nach kurzer Zeit griffen Streitkräfte der Nachbarländer Senegal und Guinea zugunsten des Präsidenten ein, konnten aber dessen Sturz am 8. Mai 1999 nicht verhindern. Vieira wurde Ende der achtziger Jahre nach einer begonnen Liberalisierung im Jahr 1994 mit 52 Prozent gewählt. Die Einheitspartei errang in einem Mehrheitswahlsystem mit 46 Prozent 62 der 100 Sitze im Parlament.
Im Nachbarland rangen die staatlichen Mächte mit einer sezessionistischen Bewegung, die teilweise ihre Mitglieder aus Guinea rekrutierte. Guinea versprach Senegal seine Unterstützung. Mehrere Offiziere wurde der Waffenkauf an Sezessionisten nachgesagt und deswegen verhaftet. Der Brigadegeneral Mané wurde beurlaubt. Als Retourkutsche erhob Mané Korruptionsvorwürfe gegen Vieira. Eine Untersuchungskommissionen sollte die Anschuldigungen untersuchen, doch bewaffnete Vorgänge beendeten die Bestrebungen. Nach der Aggression rebellierender Gruppen griffen Senegal und Guinea ein, denn die Mehrheit der Armee Guineas lief zu den Rebellen über. Zwischenzeitliche Friedensabkommen konnten keine endgültige Lösungen herbeibringen, so dass die Kämpfe letztendlich bis zum Mai 1999 immer wieder aufloderten. Schon in den Monaten zuvor deutete sich ein Ende der Regierungszeit Vieiras an. Die Rebellen setzten Vieira ab und brachten ihn in die portugiesische Botschaft. Es wurden daraufhin Neuwahlen ausgerufen.