Die Küsten des späteren Guinea-Bissau wurden schon im 16. Jahrhundert von Portugiesen besiedelt um die reichen Gold-, Elfenbein- und Sklavenvorkommen auszubeuten. 1879 wurde das Gebiet offiziell zur Überseeprovinz ernannt. Man schuf eine der Kolonialmacht freundlich gesonnene einheimische Machtelite, die sogenannten Assimilado, welche zur Stabilität der Kolonie beitragen sollte, aus der jedoch später führende Köpfe des Unabhängigkeitskampfes entsprangen. Guinea-Bissau war nicht nur für Portugal, sondern auch für die NATO von wichtiger Bedeutung, da man im Falle einer Unabhängigkeit des Staates dessen ideologischen und wirtschaftlichen Anschluss an den Ostblock befürchtete.

Die Afrikanische Partei für die Unabhängigkeit von Guinea und Kap Verde (PAIGC) führte ab 1959 einen 15 Jahre andauernden Partisanenkrieg gegen Portugal, der vom Senegal und Guinea mit Waffenlieferungen unterstützt wurde. Außerdem bildeten kubanische Militärs Träger führender Positionen aus, während die UdSSR und China der jungen Bewegung auf dem internationalen Parkett diplomatische Schützenhilfe leisteten.
Portugal bot eine Streitmacht von 17 000 portugiesischen und einheimischen Soldaten auf und wurde von der NATO unterstützt.

Legale Versuche der PAIGC mehr politische Rechte für die afrikanische Bevölkerung durchzusetzen scheiterten durch die Verfolgung von Kolonialregierung und Geheimdienst. Als am 3. August 1959 ein Streik im Hafen von Pidjiguti gewaltsam beendet wurde, tauchte die PAIGC in den Untergrund ab und verübte einige Sabotageakte. Währenddessen flüchtete Amilcar Cabral, der Anführer der PAIGC, nach Guinea, von wo aus er den Wiederstand koordinierte und um weitere Unterstützung warb.
Eine Reihe von Verhaftungen und die Verhängung des Ausnahmezustandes veranlasste die PAIGC dazu, der portugiesischen Regierung den bewaffneten Kampf anzukündigen.

Im Juli 1965 konnten die Rebellen einen ersten großen Erfolg verzeichnen: In der Schlacht um die Como-Inseln mussten die Portugiesen eine herbe Niederlage einstecken, woraufhin diese ihre operierenden Streitkräfte auf 30 000 Mann aufstockten. Im anderen Lager unterstützte die chinesische Regierung die Rebellen mit Ausbildern und die UdSSR mit modernen Waffen wie Boden-Luft-Raketen.

Portugal änderte seinen Kurs nun scheinbar: Man versuchte die Bevölkerung mit der Sozialkampagne Für ein besseres Guinea und durch Einrichtung eines Volkskongresses auf die eigene Seite zu ziehen, da dies jedoch mehr oder weniger nur eine Farce war und die PAIGC in den von ihr kontrollierten Gebieten ein stabiles infrastrukturelles Netz aufbaute, hatte man damit keinen Erfolg. Inzwischen kontrollierte die Rebellenorganisation 2/3 des Landes und rief bald darauf die Unabhängige Republik Guinea-Bissau aus, deren Staatsoberhaupt der Bruder des inzwischen ermordeten Amilcar Cabral wurde. Nach der Eroberung einer der letzten großen Militärbasen Portugals war der Sieg der Rebellen 1974 nicht mehr aufzuhalten.

Die UNO nahm Guinea-Bissau bald in ihre Reihen auf, während Portugal und die NATO den jungen Staat bis zur Nelkenrevolution in Lissabon nicht anerkannten. Nachdem 1974 also Guinea-Bissau souverän wurde, folgte ein Jahr später auch die Kapverden als eigener Staat. Luis Cabral bemühte sich als Präsident Guinea-Bissaus um eine klare Neutralität im Ost-West-Konflikt.