Der Ausschluss Hunderter muslimischer Soldaten von der Armee löste eine Revolte unter den muslimischen Militärs aus, die innerhalb weniger Tag zum Bürgerkrieg heranwuchs. Die Rebellen nahmen den Norden und den Westen ein, während im Süden von der Regierung geduldete Todesschwadronen Jagd auf Oppositionelle machten.
Der Bürgerkrieg begann am 19.9.2002 mit dem Angriff auf die Gendarmerie, in der ehemalige Präsident getötet wurde. Der Präsident Gbagbo befand sich auf Außenreise in Italien. Frankreich probierte mit kleinen Truppen die Lage zu beruhigen. Am 17.10. verständigten sich die Parteien auf Waffenruhe, die bald unterbrochen wurde. Französische Soldaten gerieten unter Beschuss von Rebellen, die auch liberische Söldner angeheuert hatten und lediglich den Sturz der Regierung forderten, sonst aber auf Plünderung aus waren. Am 24.1.2003 kam es zur Unterzeichnung eines Friedensvertrages, der das Verbleiben des Präsidenten im Amt bis 2005 sowie die Bildung einer Koalitionsregierung vorsah. Unmittelbar daraufhin brachen Proteste von Anhängern Gbagbos aus, die sich gegen eine Beteiligung der Rebellen an der Regierung auflehnten. Nach neuen Verhandlungen in Accra wurde eine Übergangsregierung eingesetzt. Die Kämpfe hielten nur noch im Westen an. Beide Parteien einigten sich auf eine Befriedung des Westens im Mai 2003. Der UN-Sicherheitsrat entsandte eine UN-Friedensmission, an der französische Truppen beteiligt wurden. Am 6.7.2005 erklärten beide Parteien in einer gemeinsamen Zeremonie den Krieg für beendet.
