Ein jahrhundertealter Konflikt der zwei dominierenden Volksgruppen in Dschibuti loderte nach der Unabhängigkeit des Landes 1977 von Frankreich wieder auf und erreichte Ende 1991 schließlich bürgerkriegsähnliche Zustände: Schon im 9. Jhd. n. Chr. hatten die Issa die Ethnie der Afar mehr oder weniger ins Landesinnere gedrängt. Obwohl beide Völker eine gemeinsame Sprache, Religion und Herkunft aufweisen, konnten die Differenzen zwischen ihnen nie ganz beseitigt werden. So werfen die Afar den Issa vor, dass sie sich mit der Hilfe Frankreichs nach Erlangung der Souveränität die einflussreichsten Machtpositionen gesichert hätten, und die Afar seitdem von ihnen unterdrückt werden. Deshalb vereinigten sich mehrere kleine Rebellenorganisationen zur Front pour la Restauration de l’Unité et de la Democratie (FRUD), um gewaltsam für die Gleichberechtigung der Afar zu kämpfen und die bestehende Regierung zu beseitigen.
Die Regierung Dschibutis versuchte zuerst die Existenz der Rebellen zu verleugnen, konnte jedoch nach ansteigender Zahl von Überfällen auf Polizei und Militär nicht mehr geheim halten, dass es eine gewaltbereite Opposition im Lande gab. Nach einigen Kämpfen zwischen Regierungssoldaten und der FRUD intervenierte Frankreich auf Seiten Dschibutis, um die Stabilität der Region aufrechtzuerhalten. Nachdem Präsident Gouled zwar Reformen ankündigte, diese jedoch ausblieben, blockierten die FRUD und die politische Opposition des Landes aus Protest ein Verfassungsreferendum. 1993 wurde ein Großteil der Rebellenstützpunkte vom Militär eingenommen; im Dezember 1994 kam es schließlich zu einem Friedensabkommen, nach dem die FRUD an der Regierung beteiligt werden sollte und ihre paramilitärischen Truppenverbände in die Armee des Landes integriert werden sollten.