Der Ursprung des Konfliktes in Burundi wird unter anderem in dem durch die Kolonialisierung geschaffenen Gegensatz zwischen Hutu und Tutsi gesehen, der auch in anderen Staaten folgenreich sein sollte. Seit den 1960er Jahren probte die zur Minderheit gehörenden Hutu den wiederholt Aufstände gegen die Regierung, die jedoch durch Gewalt von der Tutsi-dominierten Armee niedergeschlagen wurden. Eine Phase der Demokratisierung konnte in den 90ern keine Stabilität in das Land bringen. Im Oktober 1993 wurde Melchior Ndadaze ermordet, der als Hutu-Kandidat bei den Präsidentschaftswahlen als Sieger hervorging. Nach dem Tod seines Nachfolgers Ntaryamira im April 1994 eskalierten die Auseinandersetzungen zwischen Hutus und Tutsis. Bei den Massakern und Kämpfen sollen mehr als 50.000 Menschen getötet worden sein.

Diese Auseinandersetzungen mündeten in einem anhaltenden Bürgerkrieg zwischen Hutu-Milizen und der Tutsi-Armee um die Vorherrschaft in Burundi. Politische Kompromisslösungen wie die Beteiligung der Hutu-Parteien an der Regierung wurden von den Hardlinern abgelehnt und konnten nur kurz gehalten werden. Mayor Buyoya gelang 1996 ein Militärputsch, bei dem Parlament und Regierung aufgelöst wurden und viele Hutu-Politiker ins Exil flüchteten. Folgende schwere Auseinandersetzungen zogen große Flüchtlingsströme innerhalb Burundis und in den anliegenden Staaten nach sich. Die internationale Staatengemeinschaft erkannte die Regierung Buyoya nicht an. Die Nachbarländer Burundis verhängten Wirtschaftssanktionen, um die Parteien Burundis zu einer friedlichen Beilegung des Konfliktes zu bewegen. 2000 wurde ein Friedensvertrag zwischen den Konfliktparteien ausgehandelt und 2001 eine Übergangsregierung installiert, während Truppen der Afrikanischen Union für eine gewisse Stabilität sorgten. Erneute Verhandlungen im Jahre 2003 gingen nur zäh voran. Doch der Versuch der Demokratisierung stärkte die Zivilgesellschaft, die sich in der Rolle der kritischen Beobachtung wiederfindet. Erstmals wurden im Jahr 2005 Wahlen abgehalten und die Übergangsregierung wegen Korruption und Vetternwirtschaft abgestraft. Die neue Regierung probierte, die Zivilgesellschaft wieder zu schwächen und nahm stärkere autoritäre Züge an.