Wie auch im Nachbarstaat Ruanda prägen die sozio-politischen Ungleichheiten zwischen der machthabenden Volksgruppe der Tutsi und den meist ackerbauenden Hutu, die trotz eines Bevölkerungsanteils von über 80% kaum politisch vertreten werden, die Gesellschaft Burundis.

Nachdem Anfang 1965 der Hutu-stämmige Premierminister ermordet worden war, kam es unter den Hutu zu Aufständen, die in einem von Hutu-Militärs geleiteten Putsch gipfelten, der jedoch fehl schlug. Als Reaktion brachten Tutsi-Soldaten nicht nur die Rädelsführer des Aufstandes, sondern fast die gesamte Hutu-Elite um. Auch nachdem die Tutsi-Monarchie Ende der 1960er Jahre von einer (jedoch autoritären) Republik abgelöst wurde, kam es im September 1969 erneut zum erfolglosen Putsch der Hutu-Opposition.

So verschärften sich die Unterschiede zwischen beiden Volksgruppen und es kam schon 1972 zu einer erneuten Auflehnung der Hutu. Flüchtlinge, die in den umliegenden Ländern Zuflucht gefunden hatten, formierten sich zu bewaffneten Rebellengruppen, die aus Zaire, Tansania und Ruanda in das Land einfielen. Erneut wurden die Rebellen von der burundischen Armee besiegt und vernichtet. Die darauffolgenden Massaker der Armee an der einheimischen Hutu-Zivilbevölkerung forderten über 80 000 Tote, während fast doppelt so viele Menschen in die Anrainerstaaten flohen.

Auch wenn die Verfassung Burundis von 1974 jede ethnische Differenzierung zwischen beiden Volksgruppen verbietet, stellten die Tutsi seit diesem Zeitpunkt mehr denn je die politische, soziale und wirtschaftliche Elite des Landes dar.