Schon bald nach der Souveränität Zyperns kam es erneut zu Konflikten zwischen den  türkisch- und griechischzypriotischen  Bevölkerungsgruppen. Die türkische Minderheit blockierte mit ihrem in der Verfassung garantierten Vetorecht die Regierung so stark, dass Präsident Makarios weitgehende Verfassungsänderungen vorschlug. Zypern wurde von inneren Unruhen erfasst. Im Dezember 1963 kam es zu Pogromen an der türkischen Minderheit, an denen nicht nur die EOKA, sondern auch die staatliche Polizei beteiligt gewesen sein soll. Gleichzeitig agierten türkisch orientierte Untergrundorganisationen, um eine Teilung der Insel durchzusetzen. Erneut stand das Land vor einem Bürgerkrieg.

Britische Truppenkontingente und später eine UN-Friedenstruppe sollten Gefechte unterbinden und die von den UN festgesetzte Waffenruhe durchsetzen, was jedoch nur durch die Einteilung in türkische und griechische Sektoren möglich schien. Somit kam es schließlich zur Spaltung der Insel. Der Versuch Makarios’, die paramilitärischen Organisationen beider Konfliktparteien in einer Nationalgarde zusammenzufassen, schlug mehr oder weniger fehl, da dort griechische Zyprioten letztendlich den türkischen vorgezogen wurden. Mit dem Putsch des Militärs in Griechenland unter Papadopoulos 1967 entspannte sich die Situation spürbar, da daraufhin ein Großteil der auf Zypern stationierten griechischen Truppenverbände abgezogen wurde.