Am 19. Mai 1991 entschieden sich 90% der teilnehmenden Bevölkerung für die Unabhängigkeit Kroatiens vom Jugoslawischen Staatenbund. Die kroatischen Serben hingegen boykottierten die Wahl. Schließlich löste sich Kroatien am 30. Mai von Jugoslawien. Der von Serbien dominierte Staatenbund geriet damit in eine schwere Krise. Am 1. April desselben Jahres erklärten die in den zu Serbien gewandten kroatischen Landesteilen lebenden Serben schließlich ihren Anschluss an Serbien und begannen, Milizen und Freiwilligenverbände aufzubauen. Im Dezember riefen sie die „Serbische Republik Krajina", bestehend aus Ostslawonien, Baranja, Westslawonien und Krajina, aus. Während die Serbien unterstützende Jugoslawische Volksarmee die Situation zuerst noch befrieden konnte und in einem durch internationale Vermittlung geschlossenen Vertrag die Landesteile Slowenien und Kroatien ihre Unabhängigkeit für einige Monate aussetzten und die paramilitärischen Verbände einen Großteil ihrer Waffen abgaben, ordnete der kroatische Präsident Tudjman wenig später eine Teilmobilmachung der inzwischen aufgestellten kroatischen Nationalgarde an. Auch ein am 2. September 1991 in Brüssel geschlossener Waffenstillstand konnte die Kämpfe nicht beenden, in denen inzwischen 2.200 Menschen den Tod gefunden hatten und die 140.000 zur Flucht getrieben hatten und die inzwischen einen Bürgerkriegscharakter angenommen hatten.
Mitte September kontrollierten serbische Freischärler ca. 1/3 Kroatiens, während die jugoslawische Marine eine Blockade um die sechs wichtigsten kroatischen Küstenstädte zog. Bis zum November 1991 gab es 14 wirkungslose Waffenstillstandsabkommen, schließlich verhängte die Internationale Staatengemeinschaft ein Waffenembargo über ganz Jugoslawien.
Ende September begann die JVA zusammen mit serbischen Tschetkins (nationalistischen Freiheitskämpfern) die kroatische Hafenstadt Dubrovnik zu belagern, es folgten Bombardierungen auf Split und Zagreb.
Die JVA wurde schon immer von Serben dominiert und sah sich in Kontinuität zu den Weltkriegs-Partisanen Titos, die gegen den Faschismus gekämpft hatten. Unter Slobodan Milosevic wurde diese serbische Hegemonie innerhalb des Führungsstabes und den Truppenverbänden stark ausgeweitet. Somit sahen es viele Soldaten als Pflicht an, für ihre serbischen Brüder in der Krajina in den Krieg zu ziehen. Hinzu kam, dass mit dem Austreten Kroatiens und Sloweniens die wirtschaftlich stärksten Teile den jugoslawischen Staatenbund verließen
Am 2. Januar wurde schließlich das Cyrus Vance-Waffenstillstandabkommen unterzeichnet, am 9. Januar erklärte der jugoslawische Präsident Milosevic den Bürgerkrieg für beendet, die UN erkannte Kroatien schließlich am 15. Januar 1992 als souveränen Staat an und entsendete noch im März eine UN-Friedenstruppe, während beide Staaten, Jugoslawien und Kroatien, die Unverletzlichkeit ihrer Grenzen anerkannten.
1993 kam es jedoch zu weitläufigen kroatischen Offensiven. Präsident Tudjman sicherte den kroatischen Serben einen weitgehenden Autonomiestatus zu, was jedoch von ihnen abgelehnt wurde. Ein Jahr später war 1/3 Kroatiens immer noch serbisch besetzt, eine Entwaffnung der paramilitärischen Verbände durch die UN schlug jedoch fehl. Der Krieg hatte bis dahin 6.900 Tote gefordert, 26.000 Menschen waren verletzt und 7.600 wurden noch vermisst.
1995 ermordete ein Kroate einen Serben, was zu Vergeltungsaktionen in der Bevölkerung führte, während Serbien kroatische Autobahnen blockierte, woraufhin Kroatien massive Panzer- und Artillerieeinsätze zur Wiederöffnung der Autobahnen unternahm. Bei den raschen Gebietsgewinnen der kroatischen Truppen kam es zu schweren Kriegsverbrechen gegen die Serben, 120.000 Menschen flohen daraufhin nach Bosnien-Herzegowina und nach Serbien. Beide Konfliktparteien betrieben eine Politik der ethnischen Säuberung
Der am 14.12.1995 geschlossene Friedensvertrag von Dayton beendete den Krieg schließlich offiziell, auch wenn die letzten Kampfhandlungen schon Anfang August aufhörten .
Ostslawonien fiel wieder an Kroatien; die Rückkehr der Flüchtlinge und die Entwaffnung der Milizverbände auf kroatischer und serbischer Seite wurde durch die IFOR-Truppe der Nato kontrolliert.
Noch immer ruhen mehr als 700.000 Landminen in den ehemals umkämpften Gebieten und stellen noch immer eine große Gefahr für Menschen dar, da sie weder in Lageplänen registriert sind, noch unbedingt direkt in den Kampfgebieten liegen und somit eine unberechenbare Gefahr darstellen.
